Si vous êtes médecin, infirmier libéral, kinésithérapeute ou autre professionnel de santé, vous vous posez probablement cette question : suis-je obligé de passer à la facturation électronique ? Bonne nouvelle : c'est plus nuancé que vous ne le pensez. Et dans 90% des cas, ça vous simplifie la vie plutôt que de la compliquer.
🩺 En bref : les professionnels de santé sont-ils concernés ?
La plupart des actes médicaux sont exonérés de TVA : les professionnels de santé n'ont donc pas à émettre de factures électroniques pour leurs soins (la feuille de soins SESAM-Vitale n'est pas concernée). En revanche, dès le 1ᵉʳ septembre 2026, ils devront pouvoir recevoir les factures électroniques de leurs fournisseurs (matériel, prestataires). Pour les actes facturés avec TVA (esthétique, certaines activités), l'émission électronique peut s'appliquer.
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La feuille de soins n'est pas une facture
Voici le point clé : ce que vous envoyez à la Sécurité Sociale s'appelle une feuille de soins ou une déclaration d'activité, ce n'est pas une facture. C'est un document administratif qui permet à la Sécu de rembourser vos actes. Cette feuille de soins ne change pas avec la réforme 2026. Elle n'est pas concernée par la facturation électronique obligatoire.
Si vous facturez directement vos patients (dépassement d'honoraires, actes non remboursés, patients sans couverture), c'est différent : cette facture-là pourrait être électronique. Mais attention — beaucoup de patients peuvent demander une facture papier, et le papier reste autorisé. L'obligation de facturation électronique s'applique surtout aux échanges B2B.
Mais vous êtes responsable de la réception
Voici ce qui change pour vous : à partir du 1er septembre 2026, tous vos fournisseurs seront obligés de vous envoyer des factures électroniques. C'est le cas du fournisseur de matériel médical, du labo qui vous livre les seringues, de l'entreprise qui vous loue le cabinet, du prestataire qui gère votre assurance responsabilité civile. Tous passeront au format électronique.
Concrètement, cela signifie qu'à partir de septembre 2026, vous ne pourrez plus recevoir ces factures par mail en PDF ou en papier. Il faudra les recevoir via une plateforme agréée. La bonne nouvelle ? Vous n'avez rien à faire pour les envoyer. Vous devez juste être prêt à les recevoir.
Comment vous préparer à la réception ?
Trois approches possibles :
- Via une plateforme agréée à offre gratuite. Le Portail Public de Facturation n'est pas une option : l'État a abandonné son offre d'échange en octobre 2024. En revanche, des plateformes agréées comme Tiime ou Indy incluent la réception sans frais. Zéro coût, une inscription.
- Via une Plateforme Agréée payante (Tiime, Pennylane, etc.). Ces outils offrent plus de fonctionnalités (traitement des factures, rapprochement avec vos comptes, exports pour votre comptable). À partir de 15€/mois environ.
- Via votre logiciel de gestion cabinet. Si vous utilisez un logiciel de gestion de cabinet (type Doctolib, Mediboard ou autre), il se mettra à jour automatiquement en 2026 pour recevoir les factures électroniques. Vous n'aurez rien à faire.
Les outils recommandés pour les professionnels de santé
Tiime. Spécialisée dans les TPE/PME et professions libérales, Tiime offre une facturation simple, une réception de factures fournisseurs et une comptabilité de base. À partir de 17€/mois. Beaucoup de cabinets médicaux l'utilisent avec succès.
Pennylane. Plus robuste et collaborative, Pennylane excelle pour partager les factures avec votre expert-comptable ou votre secrétaire en temps réel. À partir de 14€/mois. C'est un bon choix si vous travaillez avec un comptable externe.
Plateforme agréée gratuite. Si votre budget est serré et que vous n'avez pas besoin d'outils avancés, une plateforme agréée dont l'offre de base est gratuite suffit. Vous pourrez toujours migrer vers une offre payante plus tard.
Ce qui ne change pas pour vous
Les feuilles de soins restent identiques. Votre traitement fiscal (franchise en base ou récupération de TVA) ne change pas. L'obligation de facturation électronique ne s'applique pas à vos factures vers patients si vous continuez à les émettre en papier (c'est autorisé).
Ce qui change vraiment
La seule vraie obligation : être capable de recevoir les factures électroniques de vos fournisseurs à partir de septembre 2026. C'est tout. Pas d'obligation d'équipement coûteux, pas de révolution. Juste vous inscrire sur une plateforme — gratuit ou pas cher — avant septembre 2026.
Les vraies questions à vous poser
- Avez-vous un comptable ou une secrétaire qui traite les factures fournisseurs ? Si oui, informez-les que ce traitement deviendra électronique à partir de septembre 2026.
- Utilisez-vous un logiciel de gestion de cabinet ? Vérifiez qu'il sera mis à jour pour recevoir les factures électroniques (très probable).
- Votre facturation vers patients est-elle simple ? Si oui, vous pouvez continuer en papier. Pas d'obligation.
- Avez-vous un budget pour un outil payant ? Si non, une plateforme agréée à offre gratuite suffira.
Conclusion : rassurez-vous
La facturation électronique ne vous impose rien de révolutionnaire. Vous continuerez à faire vos feuilles de soins comme avant. Vous recevrez simplement vos factures fournisseurs de manière électronique à partir de septembre 2026 — ce que vos fournisseurs doivent déjà faire de leur côté. C'est un changement administratif minimal pour vous, et aucun coût obligatoire si vous choisissez une plateforme agréée à offre gratuite. Vous avez 6 mois pour vous préparer. Ample temps.
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